Was ist die Open Source Digitale Biobank?
Alle aktuell erhältlichen klinischen Open Source Daten an einem Ort – das ist unser Ziel, um Entwickler auf der Suche nach relevanten Daten für das Training von KI-basierten Innovationen zu unterstützen. Derzeit finden Sie hier eine Übersicht zu Daten der im Folgenden aufgeführten Bereiche. Sollten Sie Interesse an weiteren Bereichen haben, kontaktieren Sie uns gerne. Wir arbeiten kontinuierlich an einer Erweiterung.
Warum Open Source Daten?
Open Source Daten, sind eine schnelle und kostengünstige Möglichkeit für das Training von KI. Auch bei komplexen Anwendungen, können sie zur anfänglichen Überprüfung der Machbarkeit verwendet werden.
Für wen eignen sich Open Source Daten?
Open Source Daten eignen sich besonders für Projekte, mit geringen kundenspezifischen Anforderungen und geringem Budget. Bei Fragen helfen wir Ihnen gerne weiter. Kontaktieren Sie uns!
Was sollte man beachten?
Unbedingt zu beachten sind die jeweiligen Nutzungsbedingungen (Terms of use). Die verschiedenen Nutzungsbedingungen wie beispielsweise CC BY 3.0 werden auf der jeweils verlinkten Website genauer erläutert.
Auf der Suche nach etwas Speziellem?
Mit unserer digitalen Biobank stellen wir annotierte klinische Daten passend für Ihr Projekt bereit.
Frei verfügbare Prostata-Datensätze
| Name | Modalität | Anzahl der Patienten | Anzahl der Scans | Format | Nutzungsbedingungen |
|---|---|---|---|---|---|
| TCIA "Prostate-MRI" | MR (with some PET/CT) | 26 | 22.036 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "Prostate-3T" | MR (T2W) | 64 | 1.258 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "PROSTATEx" | MR (T2W, PD-W, DCE, DW) | 346 | 309.251 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "NaF Prostate" | PET/CT | 9 | 64.535 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "PROSTATE-DIAGNOSIS" | MR (T1, T2, DCE) | 92 | 32.537 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "Prostate Fused-MRI-Pathology" | MR (T1, T2, DW, DCE) | 28 | 32.508 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "The Cancer Genome Atlas Prostate Adenocarcinoma (TCGA-PRAD)" | CT, PT, MR | 14 | 16.790 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "Pelvic-Reference-Data" | CT | 58 | 13.644 | DICOM | CC BY 3.0 |
| Initiative for Collaborative Computer Vision Benchmarking | MRI (T2, DCE, DWI, ADC) | 12 | DICOM | CC BY 4.0 | |
| Harvard NCIGT "Prostate Project" | MR | 230 | PNG | no information | |
| TCIA "QIN PROSTATE" | MR (T1/T2, DW, DCE) | 22 | 25.981 | DICOM | limited access |
Frei verfügbare Wirbelsäulen-Datensätze
| Name | Modalität | Anzahl der Patienten | Anzahl der Scans | Format | Nutzungsbedingungen |
|---|---|---|---|---|---|
| UCI Machine Learning Repository Vertebral Column Data Set | CT | 310 | with citation | ||
| SpineWeb "IVDM3Seg" | MRI | 12 | NIFTI | data upon request, citation, will supply the data provider with copies of publications. | |
| SpineWeb "xVertSeg challenge" | CT (lumbar) | 25 | MHD | PDDL |
|
| Mendeley Lumbar Spine MRI Dataset | MR | 515 | 48.345 | DICOM | CC BY 4.0 |
| DeepSpine VerSe19 | CT | 160 | NIFTI | ||
| NIH "DeepLesion" (not spine specific, only key slices + context >60mm) | CT | 4.427 | 32.120 | PNG | unrestricted |
| TCIA "LIDC-IDRI" | CT thorax (+ partial CR/DX) | 1.006 | 243.185 | DICOM | CC BY 3.0 |
Frei verfügbare Gehirn-Datensätze
| Name | Modalität | Anzahl der Patienten | Anzahl der Scans | Format | Nutzungsbedingungen |
|---|---|---|---|---|---|
| TCIA "CPTAC-GBM" | CR, CT, DX, MR, NM, SC | 63 | 154.476 | - DICOM - SVS (Patho) | CC BY 3.0 |
| TCIA "ACRIN-FMISO-Brain" | CT, MR, PET | 45 | 671 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "QIN-BRAIN-DSC-MRI" | MR | 49 | 116.778 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "Brain-Tumor-Progression" | T1w (pre and post-contrast agent), FLAIR, T2w, ADC, DSC | 20 | 8.798 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "1p19qDeletion" | MR | 159 | 17.360 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "Ivy Glioblastoma Atlas Project (Ivy GAP)" | MRI, CT | 39 | 846.743 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "RIDER NEURO MRI" | MRI (T1, T2, DCI, DTI, contrasted 3D FLASH/FLAIR) | 19 | 70.220 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "The Cancer Genome Atlas Low Grade Glioma (TCGA-LGG)" | CT, MR | 199 | 241.183 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "The Cancer Genome Atlas Glioblastoma Multiforme (TCGA-GBM)" | MR | 262 | 481.158 | DICOM | CC BY 3.0 |
| TCIA "REMBRANDT" | MR | 130 | 110.020 | DICOM | CC BY 3.0 |
| UCLH Stroke EIT Dataset | CT, CT Angio, MR | 23 | NIFTI | CC BY 4.0 | |
| Brain-developement "IXI DATASET" | T1, T2, PD, DW | 600 | NIFTI | CC BY 3.0 | |
| Harvard NCIGT "Intra-operative MRT Glioma Resection" & "Neuro_MRT_g" & "NeuroMRT" | MRI (T1, T2, SPGR) | 131 | DICOM (IMA) | public access | |
| OASIS (1-3) | MRI (+PET) | 1550 | citation, provide information on use of OASIS data upon request. If PET-Data is used, must be submitted to "Avid Radiopharmaceuticals" for review! | ||
| OpenfMRI | PDDL | ||||
| ADNI - Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative | MR, PET | for the purposes of scientific investigation, teaching, or planning clinical research studies, IRB compliance. | |||
| CQ500 | CT nativ | 193.317 | DICOM | CC BY-NC-SA 4.0 | |
| Johns Hopkins University Data Archive Head CT | CT | 35 | DICOM | CC BY-NC-SA 4.0 | |
| BraTS Multimodal Brain Tumor Segmentation Challenge | CC BY-NC 3.0 |
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